近年来，中国科学院昆明动物研究所在云南、广西和重庆等地相继发现和描记了多种高原鳅属鱼类新种。

2002 年红玫瑰洞穴探险俱乐部（ Hongmeigui Caving Club ）在重庆市武隆县一洞穴采集到一尾洞穴鱼类，送予昆明动物研究所。经过鉴定，该批鱼类标本实属于高原鳅属，且为一未描记的新种。陈小勇和杨君兴于 2003 年描记了该种，命名为玫瑰高原鳅 Triplophysa rosa Chen et Yang ，并于 2005 年发表在 Journal of Fish Biology 。命名的由来是为了感谢赠送模式标本的红玫瑰洞穴探险俱乐部，模式标本保存在中国科学院昆明动物研究所鱼类标本库。玫瑰高原鳅因为长期生活在洞穴中，身体形态呈现出洞穴鱼类的普遍特征：身体半透明，呈肉红色，眼睛完全退化或仅剩小的眼点。红玫瑰洞穴探险俱乐部在此后的考察中又在武隆采集到了 3 批玫瑰高原鳅标本，其中 2004 年两批次，第一次 2 尾，第二次 1 尾； 2005 年 1 批次 2 尾；这些标本均同模式标本一起保存在昆明动物研究所鱼类标本库。 2005 年，西南大学水产学院吴青等人也在武隆发现了该种鱼类，认为是条鳅亚科一新种，并依据该种建立了一新属，命名为武隆丽条鳅 Linemacheilus wulong Wu ， He et Li （中国观赏鱼， 2005 ， 1 ： 67 ）。随后又将之划入间条鳅属 Heminoemacheilus wulongensis Wu, He et Li （水族世界， 2007,1: 90-93 ）。在这两次报道中吴青等人仅给出一个名称，没有正式的描述。根据国际动物命名法规，武隆丽条鳅（ Linemacheilus wulong, Heminoemacheilus wulongensis ）为裸名，是玫瑰高原鳅的同物异名。

2009 年，相继又有两个高原鳅种类被描记，一个是采自云南宜良的小高原鳅 Triplophysa parvus Chen, Li et Yang ，发表在 Zoologischer Anzeiger, 。该种因为个体很小，皮肤光滑、无磷，尾鳍、背鳍的形态，鳔的形态，身体上的斑纹等特征而与已记录的高原鳅属的种类相区别。另一个高原鳅属新种是长鳍高原鳅 Triplophysa longipectoralis Zheng, Du et Chen ，发表在 Environmental Biology of Fishes 。该种因为胸鳍显著发达，眼睛退化，身体被鳞等特征明显不同于高原鳅属其他种类而成为一个新种。以上两种的模式标本均保存在中科院昆明动物研究所标本库。