种间杂交可以导致基因或基因组在种间渗透以及分类上的混乱。中国科学院昆明动物研究所张亚平院士，云南大学于黎研究员和博士生刘江通过分析124个中国兔鼠物种个体的线粒体基因和核基因序列，第一次发现在6个中国兔属物种间存在着通过种间杂交而导致的基因渗透。令人惊奇的是，东北兔的线粒体完全被来自雪兔和华南兔的线粒体所替代。此外，核基因分析发现在中国兔属物种间存在高比例的杂合子，在多个物种间有共享单倍型，提示中国兔属物种间的核基因的渗透是一个正在发生的过程。因此，推测由频繁的杂交事件所导致的形态上的过渡类型以及非典型的线粒体基因组世系的存在可能是导致中国兔属物种分类混乱的真正原因。

该研究结果近期发表在BMC Evolutionary Biology刊物上[Reticulate evolution: frequent introgressive hybridization among Chinese hares (genus Lepus) revealed by analyses of multiple mitochondrial and nuclear DNA loci, 2011, 11: 223]