多团队合作搭建基因编辑动物新发突变数据库VDGE
随着基因编辑技术的快速发展，基因编辑动物在生物学和医学研究中的重要性愈发凸显。然而，基因组编辑可能会在非靶点位点引入基因组变异，导致这些动物出现意想不到的功能突变，因此迫切需要系统地收集和整理这些变异，以支持数据挖掘和深入分析。
中国科学院基因组研究所赵文明研究组、昆明动物研究所王国栋研究组、遗传与发育生物学研究所张永清研究组联合发布了Variation Database of Gene-Edited Animals（VDGE，网址：https://ngdc.cncb.ac.cn/vdge）数据库，合作团队收集、整理并分析了目前具有家系全基因组数据数据集，首次实现了对基因编辑动物新发突变的标准化分析、整合和展示，为相关数据的深入挖掘和充分利用提供了一个综合的信息平台。VDGE包括6个关键模块，分别是物种（Species），家系（Animal trios），样本（Samples），目标突变（On-target mutations），以及变异（Variations）和相关基因（Genes）。VDGE目前的数据主体来源于具有家系全基因组测序数据的相关数据集，涵盖了恒河猴、食蟹猴和犬等物种的107个动物家系，174个全基因组测序样本，56个目标突变，115,710个变异及12,708个相关基因。除此之外，VDGE还整合了部分缺乏全基因组测序数据的基因编辑猪和犬，以及它们的相关目标突变信息。未来，VDGE将进一步整合更多的基因编辑物种及多种类型的变异数据，为领域内的研究人员提供一个更加全面和多样化的数据资源平台。
2024年10月29日，该研究成果以“VDGE: a data repository of variation database for gene- edited animals across multiple species”为题发表在国际知名期刊Nucleic Acids Research上。中国科学院基因组研究所赵文明研究员、昆明动物研究所王国栋研究员、遗传与发育生物学研究所张永清研究员为该论文的共同通讯作者。该研究得到科技创新2030项目、国家重点研发计划、中国科学院先导专项和春城计划等基金项目资助。
图. VDGE数据库构建流程及内容展示